信息概要

细胞ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）检测是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的高通量技术，广泛应用于表观遗传学、转录调控和疾病机制探索等领域。该检测通过特异性抗体富集目标蛋白结合的DNA片段，结合高通量测序技术，准确定位蛋白结合的基因组区域。其检测结果可为基因表达调控网络、疾病相关信号通路及药物靶点筛选提供关键数据支持。第三方检测机构通过标准化流程、数据分析及质量控制体系，确保检测结果的高可靠性和可重复性，满足科研与临床研究的多样化需求。

检测项目

• 抗体特异性验证
• DNA片段化效率分析
• 免疫沉淀DNA浓度测定
• DNA文库质量评估
• 测序数据比对率统计
• 峰值（Peak）检测与注释
• 结合位点motif分析
• 差异结合区域（DBR）筛选
• 组蛋白修饰水平定量
• 转录因子结合位点富集分析
• 基因组区域功能注释（如启动子、增强子）
• 样本间相关性分析
• 信号噪声比（SNR）计算
• 重复性检验（如Pearson相关系数）
• GO/KEGG通路富集分析
• 染色质开放区域（ATAC-seq联合分析）
• 单样本或多样本整合分析
• 动态结合位点时间序列分析
• 三维基因组互作关联分析
• 自定义区域靶向深度测序验证

检测范围

• 人类细胞系（如HEK293、HeLa）
• 小鼠原代细胞（如肝细胞、神经元）
• 干细胞（胚胎干细胞、iPSC）
• 肿瘤细胞系（如A549、MCF-7）
• 免疫细胞（T细胞、巨噬细胞）
• 植物细胞（拟南芥、水稻）
• 原核生物细胞样本
• 病原体感染宿主细胞模型
• 器官类器官培养细胞
• 基因编辑细胞（CRISPR/Cas9修饰）
• 药物处理或应激诱导细胞
• 发育阶段时序性样本
• 表观遗传突变细胞模型
• 跨物种比较分析样本
• 单细胞水平ChIP-seq样本
• FFPE固定组织来源细胞
• 循环肿瘤细胞（CTC）
• 微生物共培养细胞系统
• 空间转录组关联样本
• 多组学整合分析配套样本

检测方法

• 甲醛交联法（固定蛋白-DNA复合物）
• 超声碎裂法（染色质随机片段化）
• MNase消化法（核小体定位优化）
• 抗体特异性验证（WB/ELISA平行实验）
• 磁珠法DNA纯化（去除杂质）
• 末端修复与接头连接（文库构建核心步骤）
• PCR扩增富集（提高文库多样性）
• Agilent Bioanalyzer质检（片段分布分析）
• Illumina平台双端测序（高精度数据产出）
• ChIP-qPCR验证（关键位点定量确认）
• 交叉关联分析（评估片段化质量）
• IDR一致性分析（重复样本可靠性检验）
• MEME-ChIP（motif发现与富集）
• GREAT工具（功能注释与通路映射）
• CISTROME系列分析（多维度数据整合）

检测仪器

• 超声破碎仪（Covaris）
• 高速冷冻离心机
• 磁力架分离系统
• 实时定量PCR仪
• Agilent 2100 Bioanalyzer
• Illumina NovaSeq 6000
• Nanodrop分光光度计
• Qubit荧光定量仪
• PCR扩增仪
• 恒温金属浴
• 自动化液体处理项目合作单位
• 低温高速离心机
• 凝胶成像系统
• 高通量测序文库制备系统
• 超低温冰箱（-80℃）

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